سفر ما وراء النهر
شیبانی رقیب بزرگ بابر در مقابل قوای صفوی از بین رفت و بابر هم در کابل این وقایع را به دقت میدید تا که خان میرزا از بدخشان به او نوشت که به تسخیر فرغانه همت گمارد. با بر نیز فرصت از دست نداد و در شوال ۹۱۶ هـ (جنوری ۱۵۱۱م) از هندوکش گذشته و به کندوز رسید بعد از انکه با شاه اسماعیل صفوی مکاتبه واز و استمداد کرد از طرف دربار صفوى أحمد سلطان صفوى وصوفي على وعلى قلى خان و شاهرخ افشار با لشکریان صفوی بیاوری وی رسیدند و هم قوای خان میرزا از بدخشان بدو پیوستند.
در ینوقت از بازماندگان شیبانی خان عموزاده اوجانی بیگ فرزند خواجه محمد سلطان قیادت قوای اوزبک در دست داشت و عبیدالله خان برادر زادۀ شیبانی خان در بخارا حکم میراند و تیمور خان فرزند شیبانی در سمرقند بود.
بابر از طرف کندوز بر در های آمو گذشته و نواحی حصار (تاجیکستان کنونی) را بوسیلۀ عسکر شصت هزاری خود بدست آورد ولی والی حصار قلعۀ این شهر را مستحکم ساخت و مقاومت میکرد و مردم قبایل اطراف هم بمددش رسیدند. بنابرین بابر روی به فتح سمرقند نهاد ودر نیمه رجب ۹۱۷هـ اکتوبر ١٥١١ م این شهر رابار سوم فتح نمود. و از انجا ناصر میرزا برادر خود و را به حکومت کابل گماشت.
اگر چه بابر در ینوقت از طرف شاه اسماعیل صفوی تقویه میشد و اوهم شاید سکه بنام او زد و تظاهر به مذهب شیعه نمود ولی قوای عبید الله خان اوزبک او را در قول ملک در صفر ۹۱۸هـ می ۱۵۱۲ م شکستی دادند که نتوانست شهر سمرقند را حفظ کند و هم چون شهر غجدوان باشکست و عزل نجم ثانی اصفهانی سپهدار صفوی از دست وی رفت (۳) رمضان ۹۱۸هـ ۱۲ نومبر ١٥١٢م ) بابر آخرین قوۀ مقاومت خو در ا در ماورالنهره از دست داد و از دریای آمو گذشت و مدت دو سال را در صفحات شمال هندو کش و کندوز گذرانید و بعد ازآن به کابل برگشت ۹۲۰هـ ۱۵۱۴م و چون در سنه ۹۲۱ هـ ۱۵۱۴ م شاه حسن فرزند شاه بیگ حکمران ارغونی کندهار به کابل گریخت از طرف بابر با حرارت پذیرائی شد و یک سال بعد در ۹۲۲هـ ۱۵۱۵ م بابر به تسخیر کندهار کمر بست ، و در سال دیگر این شهر را محاصره نمود تا که در ۹۲۳ هـ ۱۵۱۶م به تسخیر آن موفق آمد.
چون بایر مساعی مکرر خود را در تسخیر ماوراء النهر ناكام ديد ودر خراسان هم پیشرفتی برای تسکین جاه طلبی او بسبب قوۀ صفویان ممکن نبود، بنابرین بعد ازین توجه خود را به فتح هندوستان مبذول داشت و لشکر کشی های خودرا بطرف شرق افغانستان معطوف نمود ، که در بابر نامه شرح داده است.