جنگ شیبانی با اسماعیل صفوی و کشته شدن شیبانی وفتح ماوراالنهر ازطرف بابر
چون شاه ماورا لنهر محمد خان شیبانی به تفصیلیکه پیش گذشت بر بلخ وهرات وخراسان تغلب جست ودرآن نواحی قوه بهم رسانید بنابران شاه اسماعیل صفوی پادشاه پارس از قوت گرفتین این مردآهنین متوهم گردید و در اواسط شهور سال ۹۱۶ه متوجه خراسان گشت و در (۲۰)شعبان سال مذکور به مرورسید وشیبانی راکه بحصار مرو پناه جسته بود در آنجا حصاری ساخت روز جمعه (۲۶)شعبان بود که دریک منزلی مروبین طرفین درگرفت تادخ هزار نفر اوزبک کشته گردید و خود شیبانی هم درین جنگ سرنهاد وقوای اوزبک سخت شکست خوردند ومرومورد تاخت وتاراج قوای صفوی شد اسماعیل در بهار(۹۱۸ه)تا آمو پیش رفت و از آنجا پس بهرات برگشت.
شیبانی بزرگترین رقیببابر باینصورت در مقابله قوای صفوی ازبین رفت وبابر از کابل وقایع رابه دقت میدید ومسنجید تا درسال ۹۱۷ه بعد از قتل شیبانی جان میرزا از بدخشان به بابر نوشت که وقت را ازدست نباید داد و اکنون شیبانی رقیب آهنین ما خود بخود از بین رفت باید به تسخیر فرغانه ومملکت پدری پرداخت بنا بران بابر هم به تعجیل تمام بسوی قندوز شتافت و بعد از آنکه با اسماعیل صفوی مکاتبه وازواستمداد کرد از آنطرف احمد سلطان وصوفی علی و علی قلی خان وشاهرخ افشار باقوهٔ صفوی بیاوری بابر رسیدند وی بعد بیاوری بابر رسیدند وی بعد از تصرف حصار وقندوز وبغلان با عسکر شصت هزاری بر بخارا تاخت وپس از تسخیر آن در نیمه رجب سال ۹۱۷ه سمرقند را نیز تصرف نمود و از نجا ناصر میرزا را بحکومت کابل گماشت و خود تامدت (۸) مادرآنجا بود وعسکر صفوی را امر ترخیص داد ولی بعد از گذشتن زمستان بقیه لشکر اوزبک به قیادت تیمور سلطان قائم مقام شیبانی بربابر غجدوان و دیگر مقامات رانیز از دست داد و از جنگهای سخت خود باوزبکهای نتیجه ندید پس بکابل آمد وممالک ماورا النهر از دستش رفت (۹۲۰=۱۵۱۴ع).
بابر از فتوحات ماوراۀالنهر با دست خالی برگشت وکابل را غنیمت دانست چنانچه عادت داشت تلافی ازدست رفته جنگهای ازبک را به تاخت وتاز برقبائل آزادی خواه وبیگناه پستون نموده چون قبائل پشتون درآن نزدیکی ها بوادیها پشاور سرازیر شده وبااقوام که سابقأدر آنجا مسکون بودند مشغول نبرد وزد خور شد وهم با سفارت مغول تن درنمی دارند بنابران در مقابل تلفات و خسارات که بابر در جنگهای سواحل آموکشید چندین بار برین قبائل تاخت آورد وعنودانه اموال شان را به یغمابرد ودر مقابل خود از طرف آنها نیز در راه حفظ آزادی مدافعه مردانه دید که درمبحث حرکات ملی پشتون بدان اشارت خواهد رفت .