وقایع قندهار و جنگ شاه محمد با بهادر خان سیستانی
طوریکه گذشت همایون در وقت رفتن خود از قندهار، زمینداور را به بهادر خان سیستانی بخشیده و وی را به کمک شاه محمد کلاتی (حکمرانی قندهار)گماشته بود، ولی در سال دوم جلوس اکبر (۹۶۴ه) بهادر خان از زمینداور بر قندهار تاخت آورده و خواست که آنرا بتصرف خود آورد، شاه محمد در امور قلعه داری کوشیده و حریف خود را ناکام ساخت، بهادر از قندهار بزمینداور رفت، و از آنجا قوای نو فراهم آورده و باز بر قندهار تاخت آورد، شاه محمد درین هنگام از حکمران صفوی که در صفحات غربی مملکت بود امتداد خواست، و مشار الیه سه هزار نفر را بسرداری علی یاربیگ به قندهار فرستاد، بهادر خان از آمدن این قواء سراسیمه گشته و از قندهار گریخته در هند بحضور اکبر رسید و عفو گناهان خود را خواست. اما شاه محمد قندهار را نگهداشته و قوای صفوی را رخصت نمود و بآنها موقع نداد که بر قندهار تصرف جویند، ولی شاه طهماسپ پادشاه صفوی شاه محمد را نیز بحال خود نگذاشت، و همدرین سال لشکری را به قیادت سلطان حسین میرزا بن بهرام بن شاه اسماعیل صفوی که از شاهزادگان صفوی بود بقندهار فرستاد و بعد از مقاومتی که شاه محمد قندهاری در مقابل آنها نمود از طرف دیگر کمکی بوی نرسید بنابران آن شهر قندهار را بقوای صفوی سپرد و به اینطور ولایت قندهار در سال ( ۹۶۴ه) از دست حکام دهلی بر آمده و گماشتگان صفوی بر آن متصرف شدند(۵).